Absorption par le sol

Le substrat des plantes émergentes peut aussi avoir un rôle important dans la rétention de formes chimiques de phosphore et d'azote, soit par précipitation et dépôt, soit par absorption par les particules du sol. Il existe 3 types fondamentaux de baignades naturelles suivant les systèmes de filtration utilisé.

1. Systèmes basés sur des plantes aquatiques flottantes (enracinées ou libres) tels que les Nymphéas, Nénuphar, Paramogeton s et Hydrocotyles (enracinées) et les types Lemna et Spirodela (libres). Dans ce groupe peuvent aussi se rattacher la Hyacinthe d'eau et la Laitue d'eau.

2. Systèmes basés sur des plantes submergées qui utilisent des espèces comme Elodea canadensis, Elodea nutalli, Elodea dense, Ceratophyllum demersum, Hydrilla verticillata, Cabomba caroliniana, Miriophyllum hetrophyllum, Paramogeton. Le fait que les plantes utilisées dans ce type de système soient aquatiques submergées, donne lieu à taux élevés d'absorption des formes inorganiques de carbone dissoutes dans l'eau, particulièrement le CO2 et, simultanément, une capacité élevée de libération d'O2 par la photosynthèse.

3. Systèmes basés sur des plantes aquatiques émergentes. C'est le type de système le plus utilisé. Il comprend 3 sous-types.
Systèmes de Flux Superficiel : Profondeur : 0.2 - 0.4 m ; Déclivité du Fond : 0.5% ; Sol/Substrat : 20-30cm pour supporter la croissance de végétation, sans exigences spéciales de perméabilité. La végétation y est fréquente : surtout Scirpus et Typha aux États-Unis, tandis qu'en Europe l'espèce la plus fréquemment utilisée est Phragmites australis.

Systèmes de Flux Sub Superficiel : quand la vidange sous la surface est horizontale, l'eau résiduelle est distribuée à l'entrée du système (autour des racines) où coexistent des secteurs aérobies et anaérobies.

Systèmes hybrides : ils prétendent maximiser les avantages des deux types de système - vidange sous la surface horizontale et verticale.