Quelques plantes ont une capacité très significative de bioaccumulation de métaux. L'effet dépuratif de ces plantes dans les masses d'eau polluées, où elles peuvent se développer, dépend de la lumière solaire disponible et de leur capacité de pénétration dans la masse d'eau considérée. Ces espèces sont plus ou moins résistantes à la présence de polluants en solution et/ou suspension contrairement à certaines qui sont sensibles à la pollution aquatique. Ainsi, si les effets toxiques ne se superposent pas au processus de croissance végétative, on peut voir une bioaccumulation significative de métaux présents dans la solution quil est possible plus tard de récupérer. Par exemples, l'Hyacinthe d'eau qui permet la récupération de Cadmium, lEichhornia pour l'Argent et la Pistia qui permet la récupération de Chrome. Ainsi les nitrates et les phosphates sont des bioaccumulateurs et donc enlevés de l'eau. Ils produisent une biomasse riche dans ces composés et peuvent être utilisés à des fins agricoles ou nutritionnelles. La biomasse produite dans ce type de systèmes de traitement peut être réutilisée par la production d'énergie par digestion anaérobie, pour lalimentation animale, la production d'aliments. Dans ces systèmes les taux denlèvement des polluants sont identiques aux systèmes classiques, ont des basses consommations énergétiques, utilisent de la main d'uvre non spécialisée.
Les baignades naturelles sont basées sur cette technologie et se classent normalement en fonction de 3 critères fondamentaux : type de vidange, type de substrat, type de plantes utilisées.
Les piscines les plus courantes ont une vidange horizontale superficielle avec un substrat de sable et avec des plantes aquatiques fixes émergentes et submergées ainsi que des plantes flottantes émergentes et submergées. On y mélange plusieurs types de plantes avec l'intention d'optimiser leur action dans la dépuration de l'eau de la piscine. Certaines des espèces utilisées sont : Aucuba, Bambous, Calycantus fleuris, Cornus alba, Cornus fleuris, Phragmites communis, Phragmites australis, Scirpus, Rhamus frangola, Juncus inflexus, Juncus effusus, Iris pseudocorus, Iris kaempferi, Lithum officinalis, Petacites officinalis, Auruncus sylvester, etc..