A l'égard du substrat de ces piscines, se combine du sable lavé avec des cailloux, pour lequel n'existe pas de matière organique disponible. Les plantes enlèvent donc la plupart des éléments nutritifs seulement de l'eau. Le caillou pour des raisons de perméabilité, assure la vidange sous la surface de l'eau et en chauffant, stérilise les particules qui vidangent la piscine naturelle. Outre la fonction de déplacement de diverses substances du moyen aquatique et leur accumulation dans les tissus, les plantes contribuent aussi à l’évapotranspiration, l’atténuation de l'absorption lumineuse par les substrats, la réduction du transport par le vent de substances pour l'eau, ... L'eau à utiliser dans une piscine écologique peut être du robinet publique ou n’importe laquelle qui contient des niveaux faibles de matière organique et de résidus. En été une partie de l'eau s'évapore et doit être restituée pour ne pas endommager les plantes et en hiver, la pluie provoque excès d'eau pour lequel un drain doit être inclus dans la piscine à moins que l’on ne décide de vidanger soi-même.